中心位于学校工程中心东C-1层，配备行业最先进的电镜设备、领域最齐全的配套设备与制样系统、运行环境最稳定的电镜工作室。主要电镜设备包括：双球差矫正透射电镜1台（Spectra300：配有单色仪、Oneview相机、Lorentz棱镜、电子全息双棱镜、SuperX能谱仪、Gatan1069图像过滤系统）、单球差矫正透射电镜1台（Spectra300：配有单色仪、Lorentz棱镜、电子全息双棱镜、SuperX能谱仪、Gatan1065图像过滤系统）、场发射高分辨率透射电镜1台（TalosF200X）、聚焦离子束-电子束双束电镜1台（Helios5CX）、多功能扫描隧道显微镜1台（USM1800）、场发射扫描电镜1台（Gemini500）；主要原位样品杆包括：气体杆、液体杆、热电杆、光电杆、力电杆、低温杆等；主要制样设备包括：Gatan955等离子清洗仪、Leica冷冻超薄切片机EMUC7/FC7、Leica精研一体机EMTXP、Leica离子减薄仪EMRES102、Leica离子束切割研磨仪TIC3X，可实现材料、生物与冷冻等样品的精细制样。